Федерация Независимых Профсоюзов России образована в 1990 году как независимый от государства, политических и предпринимательских структур национальный профсоюзный центр.
ФНПР является самым крупным объединением трудящихся России и объединяет 46 общероссийских профсоюзов. В республиках, краях, областях Российской Федерации действуют 78 территориальных объединений организаций профсоюзов, которые наряду с отраслевыми профсоюзами являются членскими организациями ФНПР. В профсоюзах, объединяемых ФНПР, состоит более 22 млн. членов - около 95 процентов всех членов профсоюзов в России. Председателем Федерации Независимых Профсоюзов России с 1993 года избирался Михаил Викторович Шмаков.
Программный документ ФНПР, определяющий перспективные задачи Федерации, такие как, доведение заработной платы в России до уровня среднеевропейского, обеспечение занятости трудоспособного населения, безопасных условий труда, достойных пенсий, соблюдение государственных социальных гарантий, рост уровня жизни трудящихся и членов их семей.
ФНПР участвует на экспертном уровне в разработке проектов федеральных и региональных законов, касающихся социально-трудовой сферы, соблюдения прав профсоюзов и трудящихся. ФНПР активно влияет на процесс совершенствования российского законодательства, в том числе через своих представителей в Государственной Думе – межфракционную депутатскую группу «Солидарность». Одним из наиболее значительных эпизодов этой работы стало принятие и совершенствование Трудового кодекса РФ.
ФНПР играет ведущую роль в деятельности профсоюзной стороны Российской трехсторонней комиссии по регулированию социально-трудовых отношений. Координатором профсоюзной стороны РТК избран Председатель ФНПР М.В. Шмаков. В рамках работы комиссии регулярно заключаются Генеральные соглашения между общероссийскими объединениями профсоюзов, общероссийскими объединениями работодателей и Правительством Российской Федерации. Последнее такое соглашение заключено на 2014-2016 годы. ФНПР является членской организацией Всеобщей конфедерации профсоюзов (ВКП), объединяющей в своих рядах страны СНГ.
Эффективная деятельность ФНПР по сохранению рабочих мест на предприятиях и повышению заработной платы показывает, что российское профсоюзное движение испытание кризисом выдержало и укрепилось. Сохраняя и приумножая более чем столетние традиции рабочего и профсоюзного движения, ФНПР активно отстаивает законные права и интересы членов профсоюзов, всех россиян, по праву занимая ключевую позицию в гражданском обществе.